Rođen je 16. rujna 1938. u Selu Presečnom nadomak Varaždina u Hrvatskom zagorju. Najprije je izučio fotografski zanat i kraće vrijeme radio u tome zvanju. Poslije je završio školu za bolničare u Zagrebu.
Slikarstvom se bavi od godine 1959. Prvu samostalnu izložbu ima 1963. u Zagrebu. Nakon toga odlazi u Njem,ačku, u Hamburg, i radi kao restaurator u tamošnjem gradskom muzeju. Završava školu za retuš dubokog tiska i radi u časopisima Hör Zu i Quick Iz Hamburga djeluje diljem Europe: samostalno izlaže u gotovo svim europskim kulturnim centrima. Zastupa Saveznu Republiku Njemačku na Svjetskoj izložbi naive godine 1973. u Bratislavi i Oslu. Njegove se slike nalaze u najpoznatijim galerijama Europe i Amerike, a u Muzeju lijepih umjetnosti u Hamburgu izloženo mu je čak sedam djela. Vraća se u Hrvatsku godine 1970. i nastanjuje u rodnom Presečnom. Zbog perfidnih jugoslavenskih igara uvijek je bio zanemarivan u domovini, tako da na pr. u tadašnjoj Galeriji primitivne umjetnosti u Zagrebu nije imao ni jednu jedinu sliku. Na žalost sličnu politiku nastavlja i sadašnji Hrvatski muzej naivne umjetnosti u Zagrebu, pa Klopotan ostaje izvan službenih kategorizacija. Samo je u jedinoj sveobuhvatnoj monografiji, koju mnogi smatraju «biblijom hrvatske naive», pod naslovom «Čudo hrvatske naive», uvršten među klasike hrvatske naivne umjetnosti. S autorom monografije Ratkom Vinceom složio se i koautor Josip Depolo. Za Klopotana je legendarni hrvatski publicist Veselko Tenžera već odavno napisao da je jedan od najvećih fantazmagoričara hrvatske likovne umjetnosti uopće. Ove godine priprema se monografija o Franji Klopotanu, slikaru koji ima izuzetnu reputaciju u zapadnoj Europi.